Avant le XVIe siècle, le port de Sunda Kalapa était utilisé par le sultanat Hindou du royaume de Pajajaran dans l'ouest de Java. En 1527, le sultan musulman de Bantam battit les Portugais près de Sunda Kalapa et renomma la ville "Jayakerta", ce qui signifie "ville de la grande victoire". Plus tard, elle devint "Jakarta".
Les premiers bateaux hollandais arrivèrent à Jakarta vers 1596, attirés par le commerce des épices. Huit ans plus tard, le sultan autorisa la construction d'un fort hollandais et anglais, ce qui constitua une rivalité commerciale entre ces deux pays et finit par une bataille navale entre Anglais et Hollandais dans la mer de Java. Quelques mois plus tard, les Hollandais prirent la ville et la brûlèrent. Il construisirent ensuite une nouvelle ville à l'aide d'esclaves venus de Chine, et la nommèrent "Batavia".
La Compagnie néerlandaise des Indes orientales contrôla la ville jusqu'en 1799, puis la ville passa sous contrôle anglais en connexion avec les guerres napoléoniennes, avant d'être de nouveau rendue aux Hollandais en 1816. Finalement, lors de l'indépendance de l'Indonésie reconnue en 1949, la ville retrouva son nom d'origine de "Jakarta".